子宫巧克力囊肿是否严重需要根据疾病的严重情况来决定，如果囊肿比较大，症状是比较严重的，囊肿比较小积极的配合治疗，通常是不严重的。
1、严重：子宫巧克力囊肿患者，如果囊肿的情况比较严重，会侵犯子宫周围的组织和器官，发生腹部疼痛和呼吸困难等问题，有些患者还会引起下腹和背部隐隐作痛症状，这种情况下是比较严重的，通过手术治疗容易出现反复发作的可能。
2、不严重：当患者出现子宫巧克力囊肿情况，囊肿比较小主要是子宫发生炎症刺激引起的，身体没有出现其他的异常，是不严重的，积极的配合手术治疗，可以直接将病灶去除，不容易出现复发的可能。
