月经第三天痛经有可能属于正常的生理现象，但也不排除是一些疾病所导致。女性在月经期间，如果前列腺素分泌比较旺盛的情况下，就有可能会导致痛经的，这属于一种生理性的痛。但也不排除是子宫内膜炎或者是宫颈炎等疾病所造成的痛经，可能与子宫肌瘤等因素有关