巧克力囊肿应该通过一般治疗、药物、手术等方法治疗。1、一般治疗：如果巧克力囊肿比较小，而且患者没有明显的症状，可以先进行观察，定期到医院进行复查。2、药物治疗：如果巧克力囊肿不大，患者出现了慢性盆腔痛、经期痛经症状明显的症状，可以在医生指导