怀孕50天孕酮低可能与黄体功能不全、先兆性流产或者是宫外孕等因素有关。1、黄体功能不全：黄体功能不全是一种排卵障碍的表现，黄体是卵巢排卵之后形成的组织，如果功能不好可能会导致出现孕酮，需要在医生的指导下口服黄体酮胶囊、醋酸甲羟孕酮片进行治疗