怀孕45天流褐色分泌物原因是孕酮偏低、胚胎质量差、宫外孕等，需要到医院做检查之后查明病因。1、孕酮偏低：女性在怀孕45天时流褐色分泌物，有可能是因为黄体功能不足引起，可以遵医嘱服用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、黄体酮胶丸等。2、胚胎质量差：怀孕4