包皮内侧起小水疱可能是过敏、毛囊炎或生殖性疱疹等原因导致，患者需要根据不同病因选择对应的治疗措施。1、过敏：包皮经常受到摩擦，产生过敏现象，引起局部出现丘疹或丘疱疹，还会伴有瘙痒症状，可以在医生指导下口服盐酸西替利嗪片、氯雷他定片药物治疗。