怀孕四十天有褐色分泌物可能是妇科炎症性的病变所造成的，也可能与先兆性流产有关，也不排除是性生活所引起。1、妇科炎症：再出现阴道炎或盆腔炎、子宫内膜炎等炎症性病，都有可能会导致阴道不规则出血或者是有褐色分泌物排出，还会伴有白带量增多和白带异常