正常育龄妇女，在内分泌激素的作用下，阴道上皮细胞增生，其表层细胞含有丰富的糖原，非常有利于兼氧乳酸杆菌的生长，这种细菌占阴道的90%以上。这种乳酸杆菌大量存在，就抑制了其他致病菌的生长。在阴道形成了一个正常的生态平衡。
当人体雌激素水平下降，导致阴道上皮萎缩，细胞糖原减少，不利于乳酸杆菌生长。大量使用抗生素或用碱性液体过度冲洗阴道，抑制乳酸杆菌的生长。性乱，性交频繁(因精液pH为7.2-7.8)等导致致病性厌氧菌和加特纳菌大量繁殖，引起阴道微生物生态平衡失调。兼氧性乳酸杆菌减少。最终导致细菌性阴道病。
由于厌氧菌产生的脱羧酶，可激发加特纳菌产生某种氨基酸，产生挥发性胺类，释放出难闻的鱼腥臭味，胺类使pH值升高，又抑制乳酸杆菌繁殖，粘附有细菌的阴道表皮细胞脱落，使阴道分泌物增加，从而导致本病。由于菌群紊乱，阴道炎症并不明显，分泌物中白细胞减少，因此称细菌性阴道病比阴道炎更恰当。
实验室检查对本病的诊断是十分必要的。单有白带增多而没有实验室检查是不能诊断本病的。实验室检查包括涂片、胺试验、培养法、生化法、荧光抗体法等。涂片法和胺试验是简单易于操作的实验室方法，对诊断很有帮助。有条件的可以作培养或荧光抗体法试验。
(1)涂片镜检 取分泌物作涂片可找到线索细胞(Clue cell)。线索细胞是表面附着有大量的加特纳细菌的上皮细胞，特点是上皮细胞表面毛糙或有细小的颗粒，好像撒上了一层面粉。细菌为革兰氏染色阴性的球状杆菌。
(2)胺试验 取一滴10%氢氧化钾溶液加入阴道分泌物中，可闻到有鱼腥样氨释出，这是因为分泌物中胺量较高，遇碱后可放出氨味来。
(3)培养法 应先分离后再作培养，可见到直径为0.5mm圆形、不透明、表面光滑的菌落。
(4)生化法 取阴道分泌液作生化测定，正常妇女乳酸盐量高，琥珀酸盐量低，而本病妇女测定值正相反。
(5)荧光抗体法 涂片后用荧光抗体染色镜检。
