首先男性小便刺痛主要就是严重炎症，主要是通过与衣原体和支原体感染者的性接触所引起。在临床上男性小便刺痛最可能就是非淋菌性尿道炎，是男性生殖系统的感染疾病，主要就是患者在日常的生活中没有注意卫生。
小便刺痛可能与尿路感染有关，比如一些炎症。也可能与尿路结石有关，需要到医院检查以后才能确定。尿路感染可有尿频、尿急、尿痛、尿道骚痒等症状。引起尿路感染的原因很多，是需要明确病因，才能对症治疗。
小便刺痛见于尿道炎、前列腺炎、膀胱结石、膀胱结核、异物、晚期膀胱癌等。小便刺痛为灼痛或刺痛。尿道炎多在排尿开始时出现疼痛;膀胱炎常在排尿终末时疼痛加重。
尿路结石也会造成小便刺痛。尿路结石是最常见的泌尿外科疾病之一。男性多于女性，约4～5∶1。形成机制未完全阐明，有多种学说，复发率高。如果是尿路结石造成的小便刺痛，可以采用微创疗法治疗好结石，小便刺痛就会得到解决。
前列腺炎也会造成小便刺痛。前列腺炎的种类很多，包括急性和慢性。急性前列腺炎会造成小便刺痛，需要紧急治疗来解决。
