临床可以根据病史（有不安全的性行为，多个性伴侣、性伴侣有感染）、典型的临床表现来初步诊断生殖器疱疹，而无需实验室检查。如需进一步确诊，常用的实验室检查方法有以下几种。
①免疫荧光法或酶联免疫吸附试验：检测病毒的抗原，是目前应用较多的方法。
②单纯疱疹病毒的细胞培养：非常准确，但是对试验条件要求高，一般化验室不具备进行此项实验的条件。
③核酸扩增检测法：既敏感又特异，但同样是对试验条件要求高，一般化验室不具备进行此项实验的条件。
④血清学诊断方法：检测病毒的抗体，主要用于临床辅助诊断和流行病学研究。
