主要根据病史(不洁性接触史或配偶感染史等)、典型临床表现和实验室检查结果进行生殖器疱疹的诊断，但应注意与以下疾病鉴别：
1.接触性皮炎有接触过敏物史。在接触部位发生红肿、丘疹、丘疱疹、水疱、甚至大疱和糜烂，一般除去病因，处理得当，1～2周可痊愈，脱离过敏原不再复发。
2.带状疱疹在生殖器部位发生多群集簇性水疱伴神经痛，多侵犯单侧神经。
3.白塞氏病外生殖器可出现深在性溃疡，疼痛明显，愈后留有瘢痕，还伴有口腔溃疡、眼部病变、关节症状或小腿结节性红斑。
