生殖器疱疹的病原体是单纯疱疹病毒(Herpessimplexvirus，HSV)。单纯疱疹病毒，是一种DNA病毒，单纯疱疹病毒可分为I型(HSV-1)及II型(HSV-2)两种。两者的抗原性不同，所产生的抗体也不同，所以患口角疱疹的患者并不能对生殖器疱疹有免疫性。人类是该病毒的自然宿主，主要通过性接触传播。单纯疱疹病毒在宿主体内生活，其主要特点是具有持续性潜伏能力。该病毒对温度较敏感，4℃时可保存数周，-20℃可保存2个月，-70℃可保存数月。
