目前生殖器疱疹尚不能彻底治愈，经过抗病毒治疗后临床症状消失，这时单纯疱疹病毒可潜伏在骶神经节；但当机体免疫力低下的时候，比如着凉、感冒、外伤、感染、紧张、月经等，病毒可沿神经根下行而引起生殖器疱疹复发。对于复发性生殖器疱疹，常规服用一种药物的治疗效果不理想，因此宜选择联合用药治疗。
复发性生殖器疱疹患者宜选择更昔洛韦、膦甲酸钠、白介素（或干扰素）联合应用，这是因为更昔洛韦能通过竞争性抑制病毒DNA聚合酶的活性，减少病毒DNA复制，从而达到抗病毒的作用；膦甲酸钠则不需要被酶激活，能选择性作用于病毒特异DNA聚合酶的焦磷酸盐位点，达到抗病毒的目的，更昔洛韦和膦甲酸钠合用能增强抗病毒活性；再加上白介素（或干扰素）调节机体免疫力的作用，使抗病毒治疗效果进一步增强。
联合应用更昔洛韦、膦甲酸钠、白介素（或干扰素）治疗复发性生殖器疱疹能使疾病临床症状快速消失，无论近期疗效，还是远期疗效都比单一应用一种抗病毒药物治疗复发性生殖器疱疹的效果好。
