生殖器疱疹并发症主要与病毒的局部蔓延和血行播散有关，常见于免疫缺陷者，女性比男性更易发生。可分为原发性生殖器疱疹并发症和非原发性生殖器疱疹并发症。原发性生殖器疱疹并发症可以有无菌性脑膜炎，腰骶部自主神经功能障碍，脊髓炎，急性尿潴留，上泌尿生殖道感染，播散性皮肤感染、肝炎、关节炎等。非原发性生殖器疱疹并发症不常见，可有外生殖器部位色素减退和瘢痕，女性还可能发生宫颈癌等。
